Nacido en el límite mismo donde se funden las culturas de Perú y Bolivia, el Deportivo Binacional surgió en 2010 en la ciudad de Desaguadero. Su creación no respondió únicamente a una inquietud deportiva, sino al anhelo de dar voz y representación a una zona fronteriza históricamente alejada de los grandes focos del fútbol nacional. Desde sus primeros pasos, el nombre del club funcionó como una declaración de principios sobre la convivencia y la identidad compartida entre ambas naciones, iniciando un recorrido en la Copa Perú que pronto demostró que su ambición superaba el ámbito local.
La evolución del proyecto exigió decisiones pragmáticas y audaces. Hacia 2016, la institución comprendió que para dar el salto de calidad necesitaba una mejor infraestructura, por lo que trasladó su centro de operaciones a Arequipa, bautizándose como Escuela Municipal Deportivo Binacional. Este movimiento logístico fue el catalizador que el equipo necesitaba. Apenas un año después, en 2017, el club tocó el cielo del "fútbol macho" al conquistar la Copa Perú, asegurando así su ingreso al profesionalismo y marcando el inicio de una nueva era.
Ya instalados en la Primera División, el equipo decidió echar raíces en Juliaca, asumiendo con orgullo la representación del departamento de Puno. El estadio Guillermo Briceño Rosamedina se transformó en un fortín donde la altura y el fervor popular jugaron su papel. El clímax de esta historia ocurrió en 2019, cuando el "Poderoso del Sur" desafió la lógica centralista y se coronó campeón nacional tras vencer a Alianza Lima. Aquel triunfo no fue solo una estrella en el escudo, sino un hito social: por primera vez, un club puneño alzaba el trofeo máximo del fútbol peruano.
Sin embargo, la estabilidad resultó ser un rival más difícil que los oponentes en la cancha. Los años posteriores al título estuvieron marcados por una inestabilidad crónica, con descensos deportivos, reposiciones legales y conflictos administrativos que culminaron en 2025 con el retiro de su licencia para la Liga 1. A pesar de la pausa forzada en la actividad oficial, la trayectoria del club permanece como un testimonio de ascenso meteórico y de las dificultades estructurales del balompié nacional.
De cara al futuro, el propósito de Deportivo Binacional se centra en proteger su legado y preparar el terreno para un renacer sostenible. El objetivo actual no es apresurar el retorno, sino sanear la gestión administrativa y fortalecer los cimientos institucionales para evitar los errores del pasado. La visión del club apunta a consolidarse nuevamente como un semillero de talento regional y un representante digno del sur andino, trabajando para que, cuando el balón vuelva a rodar oficialmente para ellos, lo haga bajo un proyecto serio, estable y fiel a las comunidades que le dieron vida.
